Makedonya Müslümanlarının dinî işlerinin organize edildiği resmî organizasyon Kuzey Makedonya İslam Birliği Üsküp, Kalkandelen, Gostivar, Kumanova, Kırçova, Debre, Struga, İştip Manastır, Köprülü, Ohri, Pirlepe, ve Resne olmak üzere 13 müftülüğe ayrılmaktadır. Birlik, seçilmiş bir Reisu'l-Ulema başkanlığından ülke çapında faaliyet göstermektedir. Makedonya İslam Birliği'nin faaliyet alanları namaz, fetvai vaaz ve irşat, dinî nikah, mevlit gibi çeşitli dinî işleri kapsamaktadır. Ülkedeki medrese, imam hatip liseleri, ilahiyat fakülteleri gibi dinî işler Birlik tarafından yönetilmektedir. Kuzey Makedonya İslam Birliğine bağlı olarak faaliyet gösteren 600 cami ve mescit bulunmaktadır. Ayrıca kurum tarafından yayınlanan Hilal aslı bir gazete Müslümanların dinî hususta bilinçlenmesine yönelik çıkarılmaktadır. İsa Bey Medresesi ve Kütüphanesi ile  araştırma ve arşiv çalışmalarıyla faaliyet göstermektedir. 

Kuzey Makedonya İslam Birliği bünyesinde "Ilmije" (İlmiye) adında bir dernek bulunmaktadır. Bu dernekte alimler, hocalar, imamlar, öğrenciler bir araya gelmekte ve İslami ilimler alanında faaliyet göstermektedirler. İslami bilgi, birikim ve bilinci artırmak, dini ve eğitimsel gelişime katkı sağlamak, islami derneklerle işbirliğini artırmak, dini yayınlar yapmak derneğin faaliyet alanları olarak sıralanabilir. Dernek ağırlıklı olarak dini yayın faaliyetleri ile ilgilenir.  Birliğin içerisinde, Helal Standart Ajansı bulunmaktadır. Helal Standart, islami kriterlere uygun gıda ve çeşitli ürünleri kontrol eden süreçlerle ilgilenirler. ER-RAHATU ile Makedonya topraklarında ve Müslüman diasporada yaşayan için cenaze ve defin hizmeti sunarlar.