Tokyo Camiinin hikayesi 1927 Bolşevik İhtilalinden sonra işkence ve zulümden kaçmak için Orta Asya ülkelerinden Kore ve Japonya’ya göç eden Müslümanlara dayanmaktadır. Kısa süre içinde Japonya’daki hayata ayak uyduran ve oraya kalıcı olarak yerleşen Kazan Türkleri zaman içinde kendi sosyal çevrelerini oluşturmaya başlamışlardır. Tokyo Camii 1917 yılında Rusya’da gerçekleşen Bolşevik İhtilali’nin ardından Kore’ye ve Japonya’ya göç eden Müslümanlar tarafından inşa edildi. Tokyo Camii’nin misyonu İslami değerleri yaşatmayı ve Japonya’da yaşayan Müslümanların bu değerleri öğrenmesini ve kazanmasını hedeflemektir. 1928 yılında Müslümanlar Japon hükümetinin izni ile ‘‘Mekteb-i İslamiye’’ adında bir okul kurmuşlardır ve 1938’de Tokyo Camii’yi inşa etmişlerdir. Müslümanların dini ve sosyal ihtiyaçlarını karşılamak amacıyla inşa edilmiştir.

Zamanla camide oluşan hasarlardan sonra 1986 yılında cami binası yıkılmış; caminin yeniden inşa edilmesi şartıyla arazi Türkiye Cumhuriyeti’ne hibe edilmiştir. 1997 yılında Diyanet İşleri Başkanlığı Tokyo Cami Vakfı’nı kurmuş ve cami inşası başlatılmıştır. Tokyo Camii 2000 yılında yeniden ibadete açılmıştır. Japonya’nın en büyük Müslüman mabedi olan Tokyo Camii klasik Osmanlı mimarisine uygun olarak inşa edilmiştir. Sadece ibadet bölümüyle sınırlandırılmayan Tokyo Camii; amış; kütüphane, kitap satış bölümü, sanat sergisi ve derslik gibi ek alanlara da sahiptir. 2017 yılında Diyanet İşleri Başkanlığı Tokyo Camii’nin yanına Türk Kültür Merkezi adlı yapıyı inşa etmiştir. Dört katlı olan Türk Kültür Merkezi’nin üçüncü katında Türkiye’ye bağlı Yunus Emre Enstitüsü faaliyetlerini sürdürmektedir. Merkezde çocuklar için din ve değerler eğitimi ve sanat dersleri verilmektedir. Merkezin ikinci ve üçüncü katında bulunan sınıflara Japonya’da yaşamış Türk Müslümanların isimleri verilmiştir.

Temimdar Muhit isimli sınıf, Tokyo Camii Yayınevi merkezi olarak faaliyetlerini sürdürmektedir. Merkez, çocuklar ve İslam’ı tanımak isteyenler için yayınlar yapmaktadır. Basic Knowledge of Islam, Waqf: Traditions and “the works”, Universal Teaching of Hz. Muhammad Vol.1, Islam: for Correct Understanding, Tales from Nasreddin Hodja, Q&A (Islam Q&A) adlı eserlerini ziyaretçilerine sunmuştur. Tokyo Camiinin misyonu İslami değerlerin Japon Müslüman toplumunda yer etmesini teşvik etmek ve Japon toplumunun temel ihtiyaçlarını esas alan faaliyetlerin gerçekleştiği mekan olarak camiyi merkez bir oluşum olarak konumlandırmaktır. Tokyo Camii Japonya’nın başkentinde olması hasebiyle önem taşırken aynı zamanda faaliyetleri açısından da nitelikli bir eğitim ortamı sunmaktadır. Katılımcılara Arapça Kaligrafi, Arapça dersleri, Temel İslami İlimler ve ilmihali, İslami klasik eser okumaları, atölyeler ile geniş imkanlar sunmaktadır ve geniş bir faaliyet havuzuna sahiptir. Bu bağlamda cami hem Müslümanlara hem de gayrı Müslümanlara hizmet vermektedir.