Endonezyalı İslami Öğrenciler, Endonezya’da hala var olan ve bugün ayakta kalan en eski İslami Öğrenci Organizasyonudur. 4 Mayıs 1947’de Yoesdi Ghozali adlı genç bir tarafından başlatılan birlik Jogjakarta’da kurulmuştur.  Kurum eğitim ve kültür alanlarına odaklanmaktadır. PII'nin kurulmasından önce, Endonezya'daki öğrenci organizasyonları 27 Eylül 1945'te Endonezya Öğrenci Derneği (IPI) organizasyonu  altında bir araya gelmişti. IPI organizasyonunun kendisi, başlangıcından itibaren tüm Endonezya için tek öğrenci organizasyonu olarak  düşünülmesine rağmen, Endonezya Öğrenci Derneği (IPI) İslami Ortaokullardan ve İslami yatılı okullarla gerekli koordinasyonu sağlayamamıştır. Bu sebeple PII adlı kurumun kurulması kararlaştırılmıştır. İki kurum arasında yaşanacak bir tartışmayı önlemek için "Malioboro Anlaşması" yapmıştır. Endonezyalı Müslüman Öğrenciler (PII)’in önceki organizasyona göre yapısal ve kurumsal olarak geliştiği için IPI daha sonra adını IPPI (Endonezya Öğrenci Gençlik Derneği) olarak değiştirmiş ve  komünizmden etkilenmesinden dolayı PII,  IPI’ye karşı mesafe almıştır. 1985 yılında Endonezya hükümeti İslami örgütleri Pancasila düşüncesini benimsemeye zorlamıştır. 1987’ye kadar kurum bu düşünceyi kabul etmemiş ve İslami örgüt olarak listede yer almamıştır. PII kendini öğrenci, İslam ve Endonezya olmak üzere üç sütunda bütünleştiğini savunmaktadır. “Bir öğrenci hareketi, İslami bir hareket ve Endonezya'da İslami bir öğrenci hareketi” olmak üzere üç statüde tanımlamaktadır. “Öğrenmeye bağlılık, İslam'a bağlılık ve Endonezya'ya bağlılık” temel ilkelerini oluşturmaktadır.