7 Aralık 1990’da Endonezya’daki Müslüman Alimler Birliği (ICMI), Brawijaya Üniversitesi, Malang, Doğu Cava’da “XXI Yüzyılın Endonezya Toplumunu İnşa Etmek” temalı bir sempozyuma katılmak üzere toplanan Müslüman alimler tarafından kurulmuştur. Sempozyumu düzenleyen öğrenci grubunun arasında Erik Salman GD, Ali Mudzakir, Muhammad Zaenuri, Awang Surya ve Muhammed İkbal gibi isimler yer almış ve bu grup Brawijaya Üniversitesi’nin rektörü ile tanışmış, düzenleyecekleri sempozyumdan bahsetmişlerdir. Bu sempozyumun giderlerini karşılamak için Dr. M. İmadüddin Abdulrahim’in tavsiyesiyle Çevre Bakanı emil Salim ve daha sonra eski Din Bakanı Alamsyah Ratuperwiranegara ile ve ardından Araştırma ve Teknoloji Devlet Bakanı Prof. Dr. B. J. Habibie tanışmışlar ve bu toplantıda Müslüman entelektüel Dr. M. İmadüddin Abdulrahim ve Dr. M. Dawam Rahardjo Müslüman entelektüeller için bir derneğin kurulmasını desteklediklerini belirtmişlerdir.
Dernek ilk kurulduğunda Prof. Dr. B. J. Habibie tarafından yönetilmiştir. Bu durum ICMI’nin kuruluş amacına ve Müslümanların bilim ve teknoloji alanındaki yeteneklerini geliştirmeye yöneliktir. ICMI, Müslüman orta sınıfın canlanmasını sağlamıştır. Diğer bakanların ve Müslüman aydınların desteğine dayanarak Prof. Dr. B. J. Habibie fikri tanıtmak ve ondan izin istemek için Başkan Suharto ile bir araya gelmiş ve bu kuruluşa onay vermiştir. Endonezya’da ilk kurulan kuruluş olmamasına rağmen ICMI ilgiyle karşılanmış ve devlet tarafından desteklenmiştir.
6 Aralık 1990’da yaklaşık 512 Endonezyalı Müslüman ilim insanının katıldığı “21. Yüzyılda Endonezya Toplumunun Geliştirilmesi” (Membangun Masyarakat Indonesia Abad XXI) adlı sempozyum Endonezya Devlet Başkanı Suharto tarafından açılmış ve üç gün süren sempozyumun kapanış konuşmasını Başkan Yardımcısı Sudharmono yapmıştır. Bu sempozyum kültürel ve sosyal alanda faaliyetleri sürdürmeyi hedefleyen “orta sınıf”ın oluşmasına öncülük etmiştir. ICMI ilk döneminde Müslüman öğrenci aktivistlerin desteğini almış ve İslami düşünce bileşenleri üzerinde Müslüman entelektüelleri bir araya getirebilmiştir. Fachry Ali ve Bahtiar Effendy’ye göre kuruluş İslami neomodernizm, İslami demokratik sosyalizm, İslami evrenselcilik, enternasyonalizm ve İslami modernizm düşüncelerinden etkilenmiştir.