Zeytune Üniversitesi’nin temelleri 737’de Tunus’ta medrese olarak atılmıştır. Bunun öncesinde 734 yılında Ubeydallah Bin Al-Habhab tarafından Al-Zaytouna Camii olarak kurulmuştur. Bu camii tüm İslam ülkelerindeki en eski ve en ünlü camilerden biri olarak bilinmektedir. Tarih boyunca her dönem bir şekilde ayakta kalabilmeyi ve öğrenim faaliyetlerine devam edebilmeyi başaran Zeytune Üniversitesi, 1881-1956 yılları boyunca sömürge otoriteleri tarafından kontrol edilmeye çalışılmıştır. Ayrıca Fransız sömürgeleri bu kurumun özerkliğini elinden alarak sömürgeci eğitim politikalarını empoze etmeye çalışmıştır. Ardından 1956 yılında ise üniversite olarak tekrardan kurulmuştur.
Tunus’taki Yüksek İlahiyat Enstitüsü ve İslam Medeniyeti Yüksek Enstitüsü ile Kairouan’da İslami Araştırmalar Merkezi olmak üzere toplamda üç yapıdan oluşmaktadır. Tarih boyunca kurulduğu zamandan itibaren özellikle 13. yy da İslami öğrenimin en önemli merkezlerinden biri olmuştur. Öyle ki İbn Haldun da Zeytune Medresesi öğrencilerinden biridir. Gelişen üniversite, o zamanlar bilinen dünyanın her yerinden öğrencileri ve öğrenenleri cezbetmiştir. En eski İslami eğitim kurumu olarak tanınan Zeytune Üniversitesi, sekizinci yüzyıldan beri ilahiyatçılar yetiştirmektedir. Bununla birlikte Tunus, 1950’lerin sonlarında, Cumhuriyetin ilk cumhurbaşkanı Habib Burgiba ve halefi Zeynel Abidin Bin Ali tarafından sürdürülen sıkı seküler bir yönetim anlayışının içine çekilmiştir. Ülkenin çoğunda İslam kamusal yaşamdan izole edilirken ve Zeytune Üniversitesi, öğrencilerine İslam’ı öğretmeye devam edebilse de devlet tarafından yakın gözlem altında tutulmuştur. İlahiyat ile birlikte; Üniversite, esas olarak Kuran’da hukuk, tarih, dilbilgisi, bilim ve tıp öğretmiştir.
Kitaplar ve kütüphaneler söz konusu olduğunda, Zeytune kütüphaneleri Kuzey Afrikalı meslektaşları arasında en zengin olanı olarak bilinmektedir. Günümüzde üniversitede 1200 öğrenci ve 90 bölüm bulunmaktadır. Yüksek İslam Medeniyeti Enstitüsünün 300 öğrencisi ve 40 araştırmacısı bulunmaktadır. Üniversite Şeriat ve İslam düşüncesi lisans programı, İslami İlimler yüksek lisans programı, İslam sanatı ve İslami miras alanlarında eğitim vermektedir. Üniversite üç ana fakülteden oluşmaktadır: İslam hukuku, İlahiyat, İslam medeniyeti ve İslami çalışmalar. İslami ilimlere katkısının dışında Zeytune Üniversitesi ve akademik kadrosunun siyasetin içinde aktif bir konumda değillerdir. Bu sebeple Mısır’daki El Ezher üniversitesinden farklılaşmaktadır.
